Koubek, 74 ans, s'est vu confier un mandat de deux ans et demi. Il succède à Ivan Hasek, limogé le 15 octobre à la suite d'une humiliante défaite des Tchèques à domicile contre les Iles Féroé en qualifications pour le Mondial 2026.
Koubek, ancien gardien de but, a été l'entraîneur de plusieurs clubs tchèques, dont le Slavia Prague et le Banik Ostrava. Son dernier contrat, à la tête du Viktoria Plzen, avait expiré en septembre.
La République tchèque, qui a terminé deuxième du groupe L des qualifications de la zone Europe pour le Mondial 2026, derrière la Croatie, devra passer par un match de barrage contre l'Irlande, le 26 mars à Prague.
En cas de victoire sur les Irlandais, les Tchèques rencontreront en play-off, toujours à Prague, la Macédoine du Nord ou le Danemark le 31 mars.
Si les Tchèques sortent vainqueurs de ce parcours du combattant, ils iront au Mondial l'été prochain, où ils auront comme adversaires dans le groupe A le Mexique - co-organisateur avec les Etats-Unis et le Canada -, l'Afrique du Sud et la Corée du Sud.
La République tchèque n'a disputé jusqu'à présent qu'une phase finale d'un Mondial, en 2006 où elle n'avait pas passé le premier tour.